30年近い城代政治の後、1627（寛永４）年に八戸南部氏が遠野に移り、第22代城主　南部直栄（義）が新領主となった。
　「女殿様」ともいわれた先代の清心尼が中心となって、荒廃した領内の治安回復や町づくりに努力した。仙台領との境界を確定し、金山紛争も解決した。

　江戸幕府によって、盛岡城を居城とした南部藩は外様大名とされた。藩主のもとには、政治の補佐役として後家門と御三家が置かれたが、後家門は南部氏の一族であり、遠野南部氏は御三家のひとつであった。

▼遠野の南部氏は八戸根城より移ってきた

　南部領は10郡に分けられ、郡は村に分けられた。また街道に沿って「通」がおかれ、「通」ごとに代官を置いて治めた。
　遠野南部氏は、裁判権を認められ独立した領地とみなされたこともあって、遠野通を独自に「上郷」と「下郷」に分け、それぞれに代官を置いた。
　村には肝煎などの村役人が、町には検断などの町役人が置かれ、これらの役人は、税の取り立てを請けおい、領民の生産活動や日常生活についても指図した。
　また、村や町の代表となって、代官や奉行と交渉することもあった。

　横田城を中心にした遠野の新しい城下町もしだいに整えられた。横田城は、カヤぶき屋根に白壁の「大館」であり、城のある鍋倉山をとり囲むようにして屋敷町がつくられた。
　城の西側には桜馬場が設けられ元禄時代には、城下に入る街道の入り口に下級武士たちの住む上組町・中組町・下組町の同心町がおかれて町の警備にあたった。また、来内川は自然の堀の役割をはたした。
　領内の市場は城下町に集められて、武士の屋敷町（元町、坂下町、砂場町、石倉町）の外側に六日町・新町・一日市町が置かれ、定期市「一六市（いちろくいち）」が開かれた。市場の発展に伴い、石町（穀町）・裏町（仲町）が開かれた。大工町は、職人町であった。これら町人町と武家屋敷の間には高札場が置かれ、藩からの命令が掲げられた。町人町の外側には、寺院や神社がおかれた。